Речная сеть на материке развита очень слабо. Стока в океан не имеет почти 60% территории. Большая часть рек относится к бассейну Индийского океана. Короткие, полноводные, порожистые реки стекают в Тихий океан с Большого Водораздельного хребта. Внутренние воды Австралии это несколько рек и бесчисленные соленые озера.
Самая значительная река Австралии – Муррей с притоком Дарлинг. Для большей территории характерны временные водотоки – крики. Питание рек дождевое, а в Австралийских Альпах – смешанное.
На материке много озер, но почти все они бессточные, покрыты соляной коркой, заполняются водой только в период дождей. Большие запасы подземных вод скапливаются в 33 артезианских бассейнах. Они расположены в прогибах платформы и занимают одну треть территории материка. Большая часть подземных вод засолена, что препятствует из использованию в хозяйстве.